La prima divisione tra farmacia e medicina risale al VIII secolo per opera degli Arabi.
Tuttavia, la prima farmacia pubblica fu aperta in Baghdād al tempo del califfo al-Mansūr.
La prima farmacia ospedaliera sarebbe invece quella dell'ospedale del Cairo, fondata nell'873.
Nel Medioevo la farmacia viene spesso esercitata nei conventi dai monaci ancora medici e farmacisti al tempo stesso, ma, non molto dopo, viene insegnata nelle università come disciplina speciale finché a poco alla volta, e questo dapprima in Italia all'epoca della Scuola salernitana, l'arte del farmacista diventa completamente indipendente dalla professione medica.
Nel 1241 Federico II limita il numero delle farmacie e vieta l'esercizio a chi non sia autorizzato da un collegio medico, proibendo ogni rapporto d'interessi fra medico e speziale e dando disposizioni per la corretta conservazione dei farmaci.
